課程規劃
本系的核心課程主要分為三大部份，工程數學、物理化學以及輸送現象與單元操作，而另一部份為實務課程為實驗課程。
一年級的課程為基礎課程，主要為：微積分、普通物理、普通化學、普通化學實驗、質能均衡、物理化學(一)。
二年級的課程為：單元操作(一)(二)、化學反應工程、物理化學(二)、工程數學(一)(二)、化工熱力學、有機化學、有機化學實驗、物化實驗(一)。
三年級的課程為：計算機程式語言、程序控制、單元操作(三)、物化實驗(二)、化學工程實驗(一)、分組必修(一)(二)。
♦各分組課程為:
綠能製程組–化工綠能製程(一)
生化工程組–生化工程(一)
材料工程組–材料工程(一)
四年級的課程為：更加深入並重視化工廠程序製程的學習，課程主要有化工科技講座、儀器分析、程序設計、化學工程實驗(二)(三)、程序控制實驗。
♦各分組課程為:
綠能製程組–化工綠能製程(二), 綠能製程分組實驗(化學工程實驗)
生化工程組–生化工程(二), 生化工程分組實驗(化學工程實驗)
材料工程組–材料工程(二), 材料工程分組實驗(化學工程實驗)
本系除了核心課程外，還加入化工應用的必修課程，如儀器分析和計算機程式語言。除了所有的必修課程外，還尚需修習9學分的系選修課程。(如下)
| 綠能製程組 | 生化工程組 | 材料工程組 |
| 環境管理 | 醫療科技與生化工程 | 高分子化學 |
| 空汙暖化及氣候變遷 | 生物化學 | 量子化學概論與光譜 |
| 核電廠除役及廢料管理 | 細胞生物反應器 | 無機奈米材料概論 |
| 電漿技術 | 生化工程 | 材料表面科學 |
| 再生能源技術 | 生物資源與永續能源 | 材料科學 |
| 再生能源與儲存技術 | 生命科學與醫工材料 | 奈米材料製備與應用 |
| 放射性廢料管理 | 製藥工程概論 | 電化學 |
| 深度學習及神經網路的應用 | 生醫生物科技 | 薄膜高分子工程 |
| 化學工業程序 | 蛋白質工程與分離純化 | 電漿技術 |
| 觸媒化學 | 綠色能源產業技術 | 薄膜科學 |
| 氣候變遷與能源 | 高分子生醫材料 | 觸媒化學 |
| 綠色能源產業技術 | 生物感測技術 | 高等高分子化學 |
| 電化學原理與能源材料 | 生醫材料科學 | 材料表面處理實務 |
| 清潔生產與清潔技術 | 生物科技工程 | 輸送現象(上) |
| 電腦輔助化工程序模擬 | 輸送現象(上) | 輸送現象(下) |
| 能源儲存系統 | 輸送現象(下) | 高分子材料物性與加工 |
| 廢棄處理工程 | 微生物工程 | 粉粒體技術實務 |
| 基礎機械學習與數據分析於 化工的應用 | ||
| 生物質永續利用 | ||
| 地下水汙染傳輸與應用 | ||
| 輸送現象(上) | ||
| 輸送現象(下) | ||
| 微生物工程 | ||
| 建廠工程 | ||
| 產業環境永續發展 | ||
| 碳中和與清潔能源 | ||
| 淨零碳排與循環經濟 | ||
